SMA Negeri 16 Samarinda berdiri pada tanggal 18 Juli 2006, sekolah ini pada awalnya merupakan salah satu sekolah Unit Malam di Kota Samarinda yang berlokasi di SMA Negeri 3 Samarinda Jl. Juanda Kel. Air Putih Kec. Samarinda Ulu. Kepala sekolah SMA Negeri 16 Samarinda pertama kali dipimpin oleh Drs. H. Sukarni, M.Pd selama 3 tahun (2006-2009) dengan jumlah kelas sebanyak 3 rombel. Pada tahun 2009 SMA Negeri 16 berubah dari sekolah unit malam menjadi sekolah reguler, masa itu Kepala Sekolah SMA Negeri 16 Samarinda telah berganti menjadi Hendro Kuncoro, M.Pd (2009-2013) kemudian sekolah berpindah lokasi di Jl. Piano No.4 Kel. Dadi Mulya Kec. Samarinda Ulu dengan gedung hibah dari SD Negeri 031 Samarinda dengan nomor SK 421/1760/DR.I/06/2009. Tahun (2013-2015) Kepala Sekolah SMA Negeri 16 Samarinda telah dilanjutkan oleh Bapak Sutrisno, M.Pd. Dan pada Periode 2015 sampai Oktober 2015 dilanjutkan oleh Bapak Drs. Subagyo, M.Pd (Alm). Periode Oktober (2015-2023) dilanjutkan oleh Ibu Sri Romadhani, M.Pd,. Selang waktu berjalan SMA Negeri 16 Samarinda berkembang hingga memiliki kelas sebanyak 15 rombel. Melihat perkembangan SMA Negeri 16 Samarinda Pemerintah mengeluarkan SK Pindah Gedung (Regruping) ke SD Negeri 006 Samarinda, dan akhirnya pemindahan gedung dibatalkan dengan berbagai alasan.
Gambar 1. Gedung SMA Negeri 16 Samarinda (Jl. Piano No.4)
Di awal semester Tahun Pembelajaran 2018/2019 SMA Negeri 16 Samarinda keluar dari gedung lama yang berada di Jl. Piano dan proses belajar mengajar dialihkan ke Perpustakaan Umum Yang berada di Jl. Kesuma Bangsa, kemudian dilanjutkan lagi proses belajar mengajar di SMA Negeri 5 Samarinda sampai di akhir Semester Ganjil. Awal Tahun 2019 SMA Negeri 16 Samarinda mendapatkan tempat belajar sementara di Gedung Dinas Ketenagakerjaan dan Transmigrasi Provinsi Kalimantan Timur yang berada di Jl. AW. Syahranie No.11 Kel. Gunung Kelua Kec. Samarinda Ulu. Di Tahun Pembelajaran 2019/2020 SMA Negeri 16 Samarinda melaksanakan PPDB dengan jumlah rombel yaitu 2 rombel sampai dengan Tahun Ajaran 2021-2022, sehingga membuat SMA Negeri 16 Samarinda menurun jumlah siswanya, yang tadinya 16 rombel menjadi 12 rombel.
Gambar 2. Gedung SMA Negeri 16 Samarinda (Jl. AW . Syahranie, ex. Gedung Dinas Ketenagakerjaan dan Transmigrasi Provinsi KalTim)
Tahun 2023 SMA Negeri 16 Samarinda pindah ke Gedung ex. SMA Negeri 10 Samarinda yang berlokasi di Jl. Perjuangan No. 1 Kel. Sempaja Selatan Kec. Samarinda Utara. Tahun (2023-Sekarang), Kepala Sekolah SMA Negeri 16 Samarinda dilanjutkan oleh Dr. Abdul Rozak Fahrudin, M.Pd. dengan lokasi gedung yang sangat memadai SMA Negeri 16 Samarinda melaksanakan PPDB dengan peningkatan jumlah Kelas hingga kini sebanyak 24 rombel. Berbagai prestasi akademik dan non akademik sampai tingkat nasional banyak diraih setiap tahunnya oleh siswa – siswi SMA Negeri 16 Samarinda. Prestasi Ujian Nasional pun meningkat dari tahun ke tahun. Bahkan, kelanjutan studi di perguruan tinggi ternama mencapai hampir 90%.
Gambar 3. Gedung SMA Negeri 16 Samarinda (Jl. Perjuangan, ex. Gedung SMA Negeri 10 Samarinda)